Missão: Impossível – Protocolo Fantasma não apenas resgatou a franquia, mas também tirou a carreira de Tom Cruise de um período de escassez. Missão: Impossível 2 pode ter envelhecido mal, mas foi um grande sucesso em 2000 e ajudou a estabelecer Cruise como uma estrela de ação. A sequência foi vendida pelos cenários e pela vontade de Cruise de realizar suas próprias acrobacias. Missão: Impossível 3 chegou seis anos depois e é notável por ser a estreia de JJ Abrams na direção e, embora não seja considerada uma das melhores da franquia, é uma sólida aventura de espionagem com uma ótima atuação de vilão do falecido Phillip Seymour Hoffman.
Enquanto Missão: Impossível 3 foi um sucesso, sua bilheteria de menos de US$ 400 milhões foi vista como uma decepção. A performance do filme também viu a Paramount cortar seu relacionamento de longa data com Cruise, com a personalidade pública do ator sendo especificamente citada como uma razão para o baixo desempenho da sequência. O terceiro Missão Impossível O filme foi lançado após o infame salto de sofá de Cruise na Oprah, sua defesa da Cientologia e criticando publicamente o ator Brooke Shields depois que ela revelou que tomou medicação antidepressiva após uma batalha contra a depressão pós-parto. Cruise mais tarde se desculpou com Shields, mas sua imagem sofreu um grande impacto no episódio.
A Paramount sentiu que a publicidade negativa em torno de Cruise durante este período afetou M: Eu 3 bilheteria e optar por cortar os laços. Cruise teve alguns anos de vacas magras depois disso, e enquanto filmes como Valquíria e Cavaleiro e dia fez negócios modestos, seu drama de guerra Leões para cordeiros foi um fracasso. Seu trabalho mais aclamado durante esse período foi sua participação especial como o horrível produtor Les Grossman em Trovão Tropical. Quando a Paramount decidiu ver se ainda havia vida no Missão Impossível série, eles fizeram isso com o entendimento de que seria a última aparição de Cruise como Ethan Hunt. O plano original de Missão: Impossível – Protocolo Fantasma era ter Hunt se aposentar e o personagem de Jeremy Renner herdar a série. No entanto, nem o diretor Brad Bird nem Cruise levaram essa direção a sério, e ficou claro durante a produção que o último ainda era a estrela da série.
Missão: Impossível – Protocolo Fantasma foi muito vendido no poder de estrela de Cruise, incluindo seu incrível dublê Burj Khalifa. A sequência também ajudou a estabelecer os principais componentes de como a série evoluiria, incluindo colocar mais foco na equipe do FMI em torno de Hunt. Protocolo Fantasma foi recebido com críticas brilhantes, e não apenas ganhou quase US $ 300 milhões a mais do que o lançamento anterior, mas também foi o maior sucesso financeiro de Cruise como protagonista até aquele momento.
Depois disso, Cruise desfrutou de mais hits como Esquecimento, Jack Reacher e Limite do amanhã (que pode ganhar uma continuação), além do sucesso contínuo do Missão Impossível filmes. Missão: Impossível – Protocolo Fantasma foi um filme fundamental para a série e Cruise, com a sequência provando que ambos ainda estavam no topo.