警告：《星际迷航：下层甲板》第 5 季第 6 集 – “众神与天使”有剧透。
星际迷航：航行者号 事实证明，星际舰队的敌人之一 星际迷航：深空九号 可以进行改革。 星际迷航：深空九号马奇游击队是一个游击抵抗组织，由家园被卡达西人吞并的平民和失望的前星际舰队军官组成。 联邦认为马奇人是叛徒，并疯狂地寻求抓捕他们。 DS9本杰明·西斯科上尉（艾弗里·布鲁克斯饰）与星际舰队军官出身的马奇战士迈克尔·爱丁顿（肯尼思·马歇尔饰）相处得特别困难，并臭名昭著地利用毒害爱丁顿藏身处的气氛来引诱他出来。
凯瑟琳·珍妮薇（凯特·马尔格鲁 Kate Mulgrew 饰）上尉作为航海者号舰长的第一个任务是在离开 DS9 后从荒地中回收马奇突击队的 ValJean。当瓦尔让和查可泰指挥官（罗伯特·贝尔特兰饰）的航行者号被部署到三角洲象限时，星际舰队和马奇队的船员必须齐心协力才能回家。 回到阿尔法象限， 星际迷航：航行者号马基队船员因其罪行被赦免证明他对联邦的忠诚。查可泰受到欢迎回到星际舰队，汤姆·帕里斯中尉（罗伯特·邓肯·麦克尼尔饰）和贝拉娜·托雷斯（罗克珊·道森饰）中尉也受到欢迎。
《星际迷航：下层甲板》揭示了由改良马奇队驾驶的星际舰队飞船
USS Voyager 船员半卷的灵感源自 USS California 级 Reseda
在 星际迷航：下层甲板 第五季第六集“众神与天使”中，奥利少尉（萨巴·霍玛永饰）最近从“瑞西达”号航空母舰调到了“塞里托斯”号航空母舰。贝克特·马里纳中尉（托尼·纽瑟姆饰）指出 瑞西达号航空母舰的舰员全部由改革后的马奇骑兵组成。 因为马奇游击队是在对联邦理想的幻灭中诞生的，所以他们吸引了那些并不真正适合星际舰队但仍然拥有宝贵技能并想要归属于某个地方的人。作为一个直言不讳的反叛者，奥利应该在麦克的前任中感到宾至如归，但她在瑞西达的情况也并不顺利。
珍妮威船长的战术很可能被星际舰队用来训练那些被欢迎回到星际舰队的前马奇队员。与其将罂粟视为恐怖主义叛徒， 珍妮薇接受了查可泰指挥官的提议，与马奇游击队见面。 由于他们远离联邦空间，并且被认为是拥有真正技能但需求未得到满足的人，所以他们中的大多数人 航行者号作为回报，Maquis 团队表示愿意与 Janeway 合作。在 星际迷航：下层甲板指挥官杰克·兰塞姆（杰瑞·奥康奈尔饰）对马里纳采取了类似的做法，而马里纳又向奥利少尉提供了同样的帮助。
为什么《星际迷航：DS9》的罂粟花不再对下层甲板构成威胁
自治领战争结束后，大多数马奇人都死了
星际迷航：深空九号罂粟不再是威胁 星际迷航：下层甲板 因为大多数活跃的Maki抵抗细胞在 DS9统治战争。在遭受克林贡人的重创后，卡达西人愿意加入自治同盟以恢复他们以前的军事实力。 作为自治领的一部分，卡达西人能够轻松消灭马奇人。 然而联盟并没有持续多久，卡达西人也遭到了自治同盟的攻击。没有了主要敌人，马奇游击队根本没有理由战斗。
自治领战争结束时，唯一幸存的马基人要么设法逃离自治领，要么在航海者号战舰上服役。 所有仍想参战的前马奇军官都被赦免并被允许返回星际舰队。 到那时 星际迷航：下层甲板 原来，瑞西达号的舰员全部由前马奇战士组成，自治领战争已经结束七年了。星际舰队与马奇游击队之间的合作 星际迷航：航行者号 使得像USS Reseda这样的船只能够作为粗心的前马奇军官的避难所而存在，他们按自己的节奏行进。