Alguns dos melhores personagens da franquia aparecem em Naruto: Shippuuden. Embora poucos personagens consigam vencer o elenco original, alguns de Shippuden oferecem batidas narrativas únicas e momentos de personagens que consolidaram seu legado na série como alguns dos melhores personagens de shōnen, sem falar na própria série.
O que faz um personagem se destacar dos outros não é apenas porque ele é importante para a trama ou oferece uma perspectiva única da história, mas como é lembrado pelo público por seu tempo na tela. Alguns são universalmente amados, enquanto outros personagens são mais controversos, mas em ambos os casos, os personagens que extraem emoções do público são sempre alguns dos mais memoráveis da ficção, para melhor ou para pior.
Jinchuriki do Oito-Caudas, Killer Bee se tornou um importante personagem coadjuvante na série por seu domínio sobre sua Besta com Cauda, sendo o único Jinchuriki a controlar totalmente e ser parceiro de sua Besta com Cauda. Ele orientou Naruto para ensiná-lo a controlar a Nove-Caudas e atuou como mentor de apoio em conjunto com Yamato para proteger e supervisionar o treinamento secreto de Naruto.
Killer Bee é o segundo Jinchuriki mais poderoso depois do próprio Naruto, tendo derrotado a maioria dos Taka sozinho antes de ser derrotado pela técnica de sharingan de Sasuke, o Amatarasu. Apesar de sua derrota, Killer Bee é um dos shinobi mais fortes da série, tendo lutado durante a Terceira Grande Guerra Shinobi contra Minato Namikaze e posteriormente participado da 4ª Grande Guerra Shinobi como um grande aliado de Naruto e das Forças Aliadas Shinobi.
Líder da Vila Oculta da Chuva, Hanzo foi um shinobi lendário e antagonista menor que participou de várias Grandes Guerras Shinobi com o objetivo da paz. Ele lutou contra muitos outros shinobi fortes de seu tempo, como o Lendário Sannin, até mesmo nomeando Jiraiya, Orochimaru e Lady Tsunade como o Lendário Sannin depois que eles ganharam seu respeito durante a Segunda Grande Guerra Shinobi por sobreviverem contra ele.
Com o tempo, durante as muitas Grandes Guerras Shinobi, ele abandonou a busca por uma solução pacífica para a luta do mundo shinobi e optou por se agarrar ao poder, tendo Hanzo colaborado com Danzo Shimura para eliminar a recém-formada Akatsuki, liderada por Yahoko. A luta entre os dois grupos resultou em uma guerra civil que destruiu Hidden Rain Village até que Pain derrotou Hanzo e o substituiu.
Yamato atuou como substituto temporário de Kakashi Hatake e serviu como líder do Time 7, eventualmente atuando como reserva e suporte para o Time 7 quando Kakashi retornou. Como líder do Time 7, Yamato guiou Naruto, Sakura e Sai através de várias missões perigosas em um esforço para resgatar Sasuke da influência de Orochimaru. As técnicas únicas de estilo de madeira de Yamato tornam suas lutas dinâmicas e memoráveis, tornando-o um personagem essencial para a segunda metade da série que se concentrou nas Bestas com Cauda e manteve a Nove-Caudas sob controle para Naruto e para o bem da vila.
Ele serviu como membro de elite da ANBU ao lado de Kakashi e se tornou um dos maiores membros e agentes Root de Danzo. Yamato manteve a Nove-Caudas sob controle usando o estilo madeira enquanto Naruto aprendia como controlar Kurama. Yamato atuou como um personagem coadjuvante importante desde sua introdução até o final do arco da Quarta Grande Guerra Shinobi.
Apesar do título de Minato como “The Yellow Flash”, Shisui é o personagem mais rápido da série, movendo-se mais rápido que gotas de chuva. Embora Shisui só tenha aparecido em flashbacks, seu poder e presença de palco em Shippuden fizeram dele um dos membros Uchiha mais fortes até hoje por sua velocidade, sem mencionar que Shisui estava no mesmo nível da destreza de Itach como prodígio. Foram necessários os esforços combinados de alguns dos membros Root mais fortes da ANBU, juntamente com o próprio Danzo Shimura, para derrotar Shisui e roubar seu Sharingan.
Embora Shisui não estivesse vivo durante a narrativa, sua aparição em Naruto Shippuuden fez dele um dos maiores membros do Clã Uchiha, superando até mesmo o shinobi mais rápido em velocidade e precisão. Se ele tivesse aparecido no arco final da série, Shisui teria desequilibrado a balança para qualquer lado em que estivesse lutando, tornando-o um dos Shinobi mais perigosos da série.
Danzo Shimura era um ancião da aldeia que trabalhava nas sombras para o suposto benefício da Vila Oculta da Folha, muitas vezes infringindo a lei e orquestrando conspirações para garantir a segurança da aldeia. Ele foi o cérebro por trás do Massacre Uchiha, manipulando Itachi Uchiha para escolher a destruição de seu próprio clã em prol da paz. Danzo fundou a Root, uma divisão secreta da ANBU, selecionando os mais leais e os doutrinando para se tornarem leais apenas a ele. Depois que Itachi massacrou o Clã Uchiha, Hiruzen dissolveu oficialmente Root, mas a organização de Danzo continuou a trabalhar nos bastidores, treinando membros como Yamato.
Danzo foi nomeado o Sexto Candidato Hokage após o ataque de Pain à Vila Oculta da Folha. Ele representou a vila durante a Cúpula dos Cinco Kage, embora ainda não fosse oficialmente o Hokage. Após o ataque de Sasuke ao cume, Danzo fugiu apenas para ser confrontado e morto em um duelo por Sasuke. Como o mentor e arquiteto da queda do Clã Uchiha, as ações de Danzo causaram algumas das maiores repercussões da série, resultando diretamente na busca de vingança de Sasuke.
Nagato foi um grande antagonista e um personagem coadjuvante da série. Nagato cresceu órfão por causa dos shinobi da Vila da Folha durante a última Grande Guerra Shinobi. Sem sua família, Nagato sobreviveu ao lado de Yahiko e Konan, com os três eventualmente formando uma versão inicial do Akatasuki. Após a traição de Danzo e a morte de Yahiko, Nagato usurpou a posição de Danzo como líder da Hidden Rain Village e continuou a comandar a Akatsuki.
Como líder secreto da Akatsuki, Nagato dirigia a organização sob o disfarce de Pain. Durante seu tempo como líder oficial da Akaksuki, ele expandiu a organização para incluir alguns dos antagonistas mais perigosos da série e organizou a captura de várias Bestas com Cauda. O ataque de Nagato à Vila da Folha resultou em sua destruição total, sendo apenas interrompido completamente por Naruto. O Rinnegan de Nagato e o domínio sobre suas habilidades fazem dele um dos personagens mais perigosos de Shippuden, sendo o único personagem a destruir Konoha com sucesso até o momento.
O Quarto Hokage, Minato Namikaze, pai de Naruto Uzumaki e lendário shinobi, tornou-se um dos personagens mais famosos da franquia por suas habilidades de combate e liderança. Ele defendeu com sucesso a Vila da Folha depois que o Nove-Caudas atacou e lutou contra Obito enquanto protegia Kushina Uzumaki e um Naruto recém-nascido. Apesar de não ter conseguido sobreviver ao ataque, Minato tornou-se lendário como um dos maiores hokage da história da Folha.
Minato é a razão pela qual a Nove-Caudas foi selada dentro de Naruto. Ele dividiu o chakra da Nove-Caudas com Naruto para dar a seu filho a chance de controlar o poder esmagador de Kurama antes de sua morte. Depois de retornar durante o arco final da série, Minato exibiu velocidade avassaladora e pensamento tático que o tornaram digno do título de “The Yellow Flash”.
Hagaromo é mais conhecido pela maioria como O Sábio dos Seis Caminhos. Mais mito do que homem, Hagaromo se tornou quase uma figura de adoração dentro da série como o fundador e professor do Ninshu, que mais tarde ficou conhecido como ninjutsu. Filho de Kaguya Otsutsuki, Hagaromo viajou pelo mundo, ensinando sua filosofia, e conquistou um grande número de estudantes. Ele ensinou ninjutsu a seus seguidores e como controlar seu chakra enquanto pregava seus ideais, culminando no nascimento da era shinobi.
Depois de selar sua mãe Kaguya, Hagaromo dividiu o Dez-Caudas em nove Bestas com Cauda e continuou a pregar seus ideais de Ninshu. Hagaromo não apenas foi poderoso o suficiente para derrotar Kaguya e o Dez-Caudas, mas também foi a primeira pessoa a desbloquear o Rinnegan e dominar os fundamentos do ninjutsu. A linhagem de Hagaromo eventualmente se tornou os clãs Senju e Uchiha, consolidando seu legado como um dos personagens mais influentes do mito.
As ações de Obito Uchiha levaram à maior parte da trama tanto da série original quanto de Shippuden. Mais do que qualquer outro personagem da série, Obito teve o maior impacto na trama, sendo um dos principais vilões da franquia. Ele orquestrou o ataque da Nove-Caudas que resultou na morte dos pais de Naruto, ajudou Itachi Uchiha durante o Massacre Uchiha e controlou a Akatsuki das sombras, usando vários pseudônimos ao longo de sua vida.
Obito sobreviveu à Terceira Grande Guerra Shinobi depois de ser esmagado ao salvar a vida de Kakashi e fornecer-lhe um sharigan. Madara Uchiha cuidou dele até recuperá-lo e o manipulou para seguir o Plano Olho da Lua, que causou diretamente a Quarta Grande Guerra Shinobi. Obito é um dos personagens mais torturados da série e se tornou o principal antagonista durante o arco final.
Madara Uchiha é o favorito dos fãs para muitos. Como um dos personagens mais fortes de Shōnen, Madara acabou causando a maior parte do conflito em ambas as séries ao manipular Obito e eventualmente ser ressuscitado no arco final. A tradição de Madara foi construída lentamente ao longo da série à medida que mais era revelado sobre sua história até seu renascimento climático que quase quebrou as forças Aliadas Shinobi durante sua primeira batalha na tela.
Mais do que qualquer outro personagem, Madara Uchiha foi um dos melhores Shinobi, sendo um desastre natural para seus inimigos, que só pareciam ficar mais fortes quanto mais ele lutava. Guerra pela paz, Madara lutou por sua própria versão distorcida de paz, independentemente do que os outros queriam. Ele pode ter sido substituído por Kaguya no final como o principal antagonista da série, mas Madara nunca foi verdadeiramente derrotado em batalha por qualquer personagem que não fosse Hashirama Senju, tornando-o verdadeiramente o Deus dos Shinobi e um dos melhores personagens de Naruto Shippuuden.
