Guerra das Estrelas acaba de tornar a Ordem 66 de Palpatine ainda mais sombria. As Guerras Clônicas foram a derradeira armadilha Jedi, projetada para envolver os Jedi no tipo de guerra que eles nunca deveriam lutar. A mortalha do lado negro escondia tudo – e então, no último dia das Guerras Clônicas, os Jedi foram traídos. Palpatine emitiu a Ordem 66, e os soldados clones atacaram os Jedi, cortando-os.
O Jedi Purge foi particularmente brutal em Coruscant, onde foi liderado pelo próprio Anakin Skywalker – um herói entre os Jedi que abraçou o lado sombrio em uma tentativa tola de salvar a vida de sua esposa secreta Padmé. Anakin liderou os soldados clones no próprio Templo Jedi, onde eles massacraram os Jedi. Em uma das cenas mais sombrias de toda a Guerra das Estrelas saga, o próprio Anakin entrou na sala onde os Jedi Younglings estavam escondidos. Eles confiaram nele, saindo para falar com ele, apenas para serem cortados. Anakin Skywalker se tornou o matador de Jedi, matando até crianças.
O novo romance de Mike Chen, Guerra nas Estrelas: Irmandade, adicionou um elemento ainda mais sombrio à Ordem 66 de Palpatine. O livro se passa logo após o início das Guerras Clônicas, com o Chanceler Palpatine ainda nos estágios iniciais dos eventos de engenharia de acordo com sua vontade. Em uma cena arrepiante, ele diz a Anakin que quer garantir que os Younglings e os Padawans em particular tenham aprendido a confiar nos clones. “À medida que os filhotes se tornam Padawans, eles devem se sentir confortáveis com os clones,” Palpatine observa. Seu comentário parece inocente, mas, considerando seus planos, tem tons decididamente sinistros.
Palpatine tem a reputação de jogar a longo prazo, mas na verdade o segredo de seu sucesso está em sua capacidade de adaptação. O próprio Exército Clone testemunha a criatividade de Darth Sidious, pois eles foram comissionados pelo Mestre Jedi Sifo-Dyas como uma arma a ser usada contra os Sith quando ele previu sua ascensão em uma série de visões. É perfeitamente possível que, quando as Guerras Clônicas começaram, Palpatine imaginou um cenário onde os Clone Troopers seriam os que matariam os Younglings. E assim ele garantiu que até o mais jovem Jedi ficaria confortável em torno de soldados clones, sem dúvida se permitindo um sorriso de satisfação ao fazê-lo.
A cena é ainda mais sombria, já que Palpatine está se dirigindo a Anakin Skywalker, aquele que acabaria matando os Younglings sob o comando de Palpatine. Em uma ironia distorcida, a mesma lógica se aplicava; os Younglings confiavam em Anakin, nunca acreditando que um Mestre Jedi se voltaria contra si mesmo. o Guerra das Estrelas a matança dos Younglings era efetivamente o ponto sem retorno para Anakin, pois não havia como voltar atrás depois que ele cometeu um ato tão horrível. Este momento é verdadeiramente o coração escuro do Guerra das Estrelas saga.