Madara Uchiha e Kaguya, que eram de longe Narutovilões mais poderosos de , ambos tornaram o show pior em vez de elevá-lo. Enquanto Madara foi mencionado em Naruto Shippuden‘s primeiro episódio, foi apenas na segunda metade do show que o personagem finalmente apareceu. Demorou ainda mais para Kaguya ser apresentado: a criatura alienígena todo-poderosa só apareceu em Naruto Shippuden episódio 460. E ainda, no momento de suas respectivas introduções no anime, esses personagens subtraíram do show em vez de adicionar a ele.
Vilões bem desenvolvidos e quase simpáticos sempre foram um dos Narutopontos fortes. Os dois primeiros vilões da série, Haku e Zabuza, já mostraram como Naruto trataria seus antagonistas: eram pessoas reais com motivos sinceros e que podiam até ser redimidos. Naruto ShippudenO salto no tempo de expandiu o universo de maneira significativa, mas os vilões continuaram sendo um destaque da série. Embora não seja tão resgatável e simpático quanto os vilões da Parte 1 do anime, cada um dos membros da Akatsuki recebeu tempo de tela suficiente para ser desenvolvido de uma maneira que os tornasse ainda mais ameaçadores.
Ao contrário de todas essas qualidades, Madara Uchiha e Kaguya foram apresentados como sendo tão absurdamente poderosos que muitas vezes pareciam mais um chefe final de videogame do que personagens reais, e isso diminuiu seu impacto na história. Madara coletou quase todas as técnicas especiais Naruto havia estabelecido, incluindo, mas não limitado a Rinnegan, Susano’o Perfeito, Wood-Style, Rinne Sharingan – para não mencionar chakra infinito, imortalidade e a capacidade de se tornar o Jinchuriki do Dez-Caudas. Kaguya conseguiu ser ainda mais avassaladora, já que a princesa do clã Otsutsuki foi responsável por dar aos humanos a capacidade de usar chakra. Tudo isso tornou Madara e Kaguya virtualmente imbatíveis, o que significa que nunca houve um verdadeiro senso de apostas envolvidas, pois não havia uma maneira lógica de derrotá-los.
Nem Madara nem Kaguya deixaram o campo de batalha, e o único olhar para os motivos e personalidades desses personagens que o programa apresentou foi através de flashbacks. Uma crítica com a parte final do Naruto é que o show se inclinou para Dragon Ball Z-estilo de ação em vez do ritmo usual, e isso é algo que Madara e Kaguya ilustraram perfeitamente. Os antigos shinobi Uchiha e a princesa alienígena ofereceram sequências de ação notáveis, como Madara versus a aliança Shinobi, mas seus papéis como NarutoOs antagonistas finais de ‘s tornaram o show pior porque eles não tinham tudo o mais que um Naruto vilão costumava ter.
Depois que o arco incrivelmente bem pensado de Pain provou que Naruto poderia ter um vilão extremamente poderoso que ainda parecia um personagem tridimensional, a maneira como o show lidou com Madara e Kaguya foi decepcionante. Agora o foco estava nos poderes absurdos dos vilões e não em quem eles eram como personagens. A escalada dos níveis de poder dos membros da Akatsuki sempre fez parte do Naruto Shippudenmas o salto de Pain para Madara, e mais tarde o salto de Madara para Kaguya, foi tão grande que fez com que quase todos os outros personagens principais se sentissem fracos em comparação – incluindo todos NarutoHokages anteriores. O fato de Madara e Kaguya serem virtualmente invencíveis também criou um beco sem saída para o roteiro, tornando as resoluções de suas histórias decepcionantes.
Os tremendos poderes de Madara e Kaguya não foram igualmente combinados com uma ótima escrita, e isso acabou piorando a série. Depois de todos os memoráveis Naruto vilões e suas histórias bem desenvolvidas, Naruto Shippuden merecia um antagonista final que fosse mais do que apenas um shinobi divino. De qualquer forma, o arco de Pain deveria ter sido usado como inspiração para transmitir um vilão tão bem desenvolvido quanto poderoso.