A clonagem como motivo é muito difundida nas páginas da Marvel Comics. Os personagens são clonados sem esforço quando o enredo exige, por vilões ou outros terceiros que, compreensivelmente, querem os poderes dos super-heróis para si ou qualquer que seja a lógica que os vilões seguem. É um tropo que os escritores de quadrinhos recorrem frequentemente para introduzir reviravoltas na história, mas é um conceito usado em demasia.
A maioria dos clones que são introduzidos são rapidamente esquecidos até o próximo arco de história que coloca o foco neles, mas há exceções como X-23 que conseguiram fazer um nome para si mesmos e cresceram além da identidade de apenas ser um clone.
José aparece pela primeira vez em X-Men Vol 2 #46 (1995) e logo depois se junta aos X-Men temporariamente, inicialmente pensado para ser um Magneto amnésico apesar de ser décadas mais novo que ele. Então, posteriormente, na edição # 86, é revelado que ele é na verdade um clone de Magneto criado por um de seus ex-aliados Astra para promover seus próprios motivos ocultos depois que ela resgatou sua vida em um incidente.
Joseph se sacrifica em uma luta contra o verdadeiro Magneto, morrendo como herói. Anos depois, ele é trazido de volta por Astra, com os papéis sendo invertidos desta vez, Magneto ao lado dos mocinhos e Joseph como vilão.
Apocalipse é um dos melhores vilões dos quadrinhos dos X-Men, com um histórico de morrer e depois ressuscitar novamente algumas vezes. Em um desses casos, ele foi trazido de volta na forma de um menino sem memórias do passado e essencialmente uma lousa em branco. Fantomex mata criança em missão em Uncanny X-Force # 4, mas também secretamente tira uma amostra de sangue do corpo que ele usa para criar um clone.
Este clone é então criado por Fantomex para ser uma boa pessoa, uma antítese de tudo o que Apocalipse representava, e ele finalmente prova sua natureza heróica depois de sacrificar sua vida em uma luta contra o vilão Omega Red.
Durante a década de 1980, em uma época em que a verdadeira Jean Grey estava morta, Scott Summers conheceu e se apaixonou por uma mulher chamada Madelyne Pryor, que tinha uma estranha semelhança com Jean. Os dois se casaram e foram felizes por um tempo, e até tiveram um filho juntos (Cable). Mas como revelado nas páginas de X-Men estranhos Vol 1 #241, Madelyne era na verdade um clone de Jean Grey feito pelo Senhor Sinistro especificamente para se apaixonar e ter um filho com Scott.
Madelyn se tornaria um dos vilões mais subestimados dos X-Men como a Rainha dos Duendes e, mais tarde, a Rainha Vermelha.
Mesmo desconsiderando o fato de que ele próprio é filho de um clone (Madelyne Pryor), a história de Cable ainda é complicada o suficiente para confundir qualquer um. Depois de ser infectado em uma idade jovem com o vírus Techno-Organic pelo Apocalipse, ele é levado 2.000 anos no futuro por uma versão de realidade alternativa de sua irmã, onde ele é criado.
Enquanto lá, um clone de Cable é criado, algo que só os fãs de quadrinhos saberão, que é adotado pelo Apocalipse do futuro. Stryfe mais tarde se torna um vilão dos X-Men responsável, além de outras coisas, pela disseminação do perigoso Vírus Legado que matou muitos mutantes.
O poderoso fator de cura de Wolverine torna seus genes uma mercadoria valiosa aos olhos de muitos, tornando-o um alvo constante de tentativas de clonagem nos quadrinhos, e o X-23 representa o melhor deles.
Treinada para matar desde o nascimento e abusada desde tenra idade constantemente, é o melhor que os escritores permitiram que ela se estabelecesse em um papel de super-herói mais tradicional agora. Nem Logan nem Laura se encaixam nos papéis padrão de pai e filha devido à sua própria natureza, mas os dois ainda formam um par saudável nos quadrinhos.
Levando as travessuras de clonagem relacionadas a Wolverine ainda mais, até mesmo seu clone Laura Kinney tem um clone nos quadrinhos na forma de Gabrielle Kinney. Gabby aparece pela primeira vez em Wolverine totalmente novo #2 além de muitos outros clones do X-23, apelidado de The Sisters, criado pela Alchemax para ser a máquina de matar perfeita assim como Laura.
Depois de escapar de seus captores juntas, Laura e Gabby passaram a viver juntas como irmãs e tiveram muitas aventuras nos quadrinhos solo do X-23. Gabby tem o fator de cura de Laura, mas apenas uma única garra de osso em cada braço, e ela é incapaz de sentir dor.
Introduzido pela primeira vez em Novos X-Men #118 (2001), as irmãs psíquicas Stepford Cuckoos foram uma adição interessante aos quadrinhos dos X-Men e seus poderes espelhavam os de Emma Frost, uma das mutantes telepáticas mais fortes. Mas como revelado durante a série limitada X-Men Fênix Canto de Guerra (2006) o relacionamento deles é mais profundo do que apenas ter cabelos loiros e poderes semelhantes, e na realidade, os Cuckoos fazem parte de um enorme lote de clones criados pelo vilão Sublime dos genes de Emma.
Dos milhares de clones criados, apenas cinco foram ativados, e agora os três restantes se tornaram uma parte regular da programação dos X-Men.
O passado misterioso do Fantomex é grande parte de seu apelo, e é raro ele mostrar o rosto mesmo, mas o que se sabe sobre o personagem é que ele foi criado pelo mesmo programa que fez Wolverine, Arma Plus. Em uma luta contra a Irmandade de Mutantes do Mal, Fantomex é morto em Uncanny X-Force Vol 1 27 (2012) ao tentar salvar Psylocke.
Na edição final da série, ele é trazido de volta, mas devido a um erro causado pela interferência de Deadpool, seus três cérebros são divididos em três corpos clones diferentes, criando um Lady Fantomex e um Dark Fantomex.
Natasha Romanoff morreu nas mãos do Evil Captain America durante os eventos de Império Secreto. Na consequência de sua morte, é revelado que a Sala Vermelha, a organização que treinou a Viúva Negra, mantém clones de todos os seus membros mais poderosos no caso de sua morte, e é assim que Natasha é trazida de volta.
Clone Natasha recebe todas as memórias da Natasha original, e depois de descobrir sua origem como um clone, ela se volta contra a Sala Vermelha e destrói todas as outras cópias dos clones, conforme explorado no arco da história Red Ledger.
Houve vários eventos importantes relacionados a clones na longa história do Homem-Aranha, o que só mostra o quão emaranhado ele é como personagem com o conceito. Cronologicamente, Ben Reilly é o primeiro a aparecer, em 1975 Incrível homem aranha # 149, mas os quadrinhos posteriores revelam que o clone imperfeito que se chamaria Kaine Parker foi o primeiro a ser criado.
Ben também foi o primeiro a usar o apelido de Aranha Escarlate, em sua tentativa de se distinguir, e atualmente Kaine atende por esse nome. Após anos de provações e tribulações, os três Peter Parkers conseguiram fazer seu próprio lugar no Universo Marvel.