o Guerra das Estrelas O Expurgo Jedi da saga começou com a Ordem 66, mas Jango Fett secretamente deu a um pequeno grupo de clones uma contingência diferente para usar em outros Clone Troopers. No extinto Guerra das Estrelas Legendas continuidade, Jango Fett supervisionou o treinamento de todos os seus Clone Troopers, mas treinou pessoalmente os 100 Alpha-class ARC Troopers, que eram os clones mais formidáveis nas forças armadas da República. Os ARC Troopers eram fundamentalmente diferentes do resto do Exército Clone, incluindo suas próprias ordens secretas para matar seus irmãos se Kamino caísse no CIS.
Tanto no cânone moderno quanto Legendasa Guerra das Estrelas Os Clone Troopers da saga são bons homens que acreditam na luta pela democracia e se preocupam genuinamente com os Jedi que servem e com as pessoas que protegem. Apesar disso, os Clone Troopers têm uma programação adormecida para matar os Jedi e estabelecer um regime fascista opressivo assim que a Ordem 66 for emitida. No cânone, sua obediência involuntária é garantida por meio de um implante cerebral, enquanto Legendas implica que eles são simplesmente submetidos a uma quantidade particularmente intensa de doutrinação para seguir a Ordem 66. Os ARC Troopers são únicos entre os Clone Troopers por não terem a mesma adulteração comportamental, mas, no entanto, seguem ordens de contingência.
A diretriz secreta dada aos ARC Troopers é revelada na quinquagésima edição do Guerra nas Estrelas: República, de John Ostrander, Haden Blackman, Scott Allie, Jan Duursema, Stephen Thompson e Tomás Giorello. Durante a Batalha de Kamino, o ARC Trooper Alpha-17, observando que as forças da CEI estão ganhando vantagem em seu ataque às instalações de clonagem da República, quase destrói os laboratórios, matando todos os Clone Troopers não treinados ou não nascidos. O raciocínio de Alpha é que os clones só podem crescer leais à República e nunca cair nas mãos das forças da CEI, revelando que Jango Fett instruiu seus ARC Troopers a planejar o pior caso Kamino fosse invadido.
Enquanto os ARC Troopers canônicos são simplesmente Clone Troopers comuns que recebem uma classificação e um título especializados por desempenho exemplar no campo de batalha, LegendasOs ARC Troopers da era não tinham a maioria das modificações feitas no resto do Exército Clone, tornando-os mais parecidos com Jango Fett do que com seus irmãos comuns. Anakin Skywalker, que normalmente faz amizade com Clone Troopers em ambas as continuidades, observa que Alpha é “grosseiro” antes que os dois finalmente se aqueçam, mostrando como os ARC Troopers são atípicos. Embora o expurgo Jedi fosse distorcido, era pelo menos algo que os Clone Troopers não podiam ajudar, enquanto o genocídio de seus parentes era uma ordem que eles tinham que escolher cumprir.
Os Clone Troopers estão entre os melhores guerreiros não sensíveis à Força da galáxia, e a República reteve o número esmagador do CIS quase exclusivamente devido à pura habilidade dos clones e seus líderes Jedi, então o CIS potencialmente cooptando Jango Fett clones para seus militares seriam de fato catastróficos para a República. Mesmo assim, ordinário LegendasOs Clone Troopers da era hesitariam em matar seus próprios irmãos, mesmo com suas modificações, mas o ARC Trooper Alpha, em grande parte não modificado, estava disposto a cumprir a ordem com eficiência fria, mesmo sabendo o peso de suas ações. Isso mostra que os ARC Troopers realmente encarnaram a crueldade de Jango Fett como um quase realizou uma variante secreta do Guerra das Estrelas infame Ordem 66 da saga contra seus próprios irmãos.