Com Homem-Aranha 2099 definido para desempenhar um papel importante em Homem-Aranha: Através do Aranhaverso, os holofotes da Marvel Comics retornam ao futuro distópico de onde o personagem vem. Junto com o Homem-Aranha, muitas variantes futuras de personagens clássicos da Marvel apareceram nesta sub-linha dos anos 90, incluindo os X-Men. Agora, um novo X-Men 2099 estreia em Homem-Aranha 2099: Êxodo.
X-Men 2099 ajudou a formar o universo de 2099 na década de 1990, mas eles tiveram pouca atenção na Marvel Comics desde então. Os fãs de quadrinhos sabem que a equipe apareceu aqui e ali nos quadrinhos no século 21, mas eles não desfrutaram nem de perto do sucesso do Homem-Aranha 2099. Com a animação e os quadrinhos revisitando essa realidade alternativa, os fãs têm a chance de aprender sobre essa equipe intrigante.
Os X-Men emergem na linha do tempo distópica de 2099, onde os super-heróis não existem. A nova forma X-Men para assumir a missão mítica que o Professor X buscou um século antes, buscando a paz entre mutantes e humanos. A equipe se reúne graças aos esforços de Cerebra e Desert Ghost, uma figura quase religiosa que guia mutantes no deserto fora de Las Vegas.
Neste futuro, as corporações governam o mundo, em particular a Alchemax e a Synge Corporation. A Alchemax procura explorar o potencial genético dos mutantes para sua própria ganância e ambição, estabelecendo o conflito central para a equipe.
Os X-Men 2099 lutam contra Alchemax em várias histórias nos quadrinhos, mas seu principal vilão nas primeiras aventuras é Brimstone Love. Essa figura demoníaca lidera um culto chamado Teatro da Dor, que ganhava dinheiro com o sofrimento dos outros. Ele usou o mutante La Lunática para registrar memórias dolorosas para exibir em seu teatro macabro.
La Lunática finalmente escapa do controle de Brimstone Love e se junta aos X-Men. Ao contrário de seus inimigos, Brimstone Love derivou seus poderes de fontes elementares e não de um gene mutante.
X-Men 2099 experimentou uma grande mudança no cenário político do futuro quando Doctor Doom conquista os Estados Unidos. Doom, entre os mais poderosos vilões do Quarteto Fantástico, estende seu poder a tal ponto que toda a sub-linha 2099 adiciona o sufixo AD, para ‘After Doom’, ao final de cada título.
Destino desempenha um papel fundamental nos assuntos mutantes durante o volume original, tornando os X-Men sua força de proteção pessoal em Halo City, que se torna um local importante para eles nos quadrinhos daqui para frente.
X-Men 2099 lançou seu primeiro título spin-off em 1996, com X-Nação 2099. Esta série se concentrou em um grupo de jovens mutantes, não muito diferente dos Novos Mutantes que partiram em suas próprias aventuras. A premissa inicial da série, que durou apenas seis edições antes de ser cancelada, viu a equipe buscando um messias mutante que levaria sua espécie à paz e prosperidade.
A missão de encontrar o messias mutante vem do Doutor Destino, que encarrega Cerebra de encontrá-los e também liderar a nova equipe. A série se passa em Halo City, uma cidade-estado independente governada por mutantes, semelhante à situação que os mutantes desfrutam em Krakoa nos quadrinhos atuais.
A bolha dos especuladores de quadrinhos da década de 1990 estourou e as vendas caíram por X-Men 2099 em 1996. Isso fez com que toda a sub-linha de 2099 fosse dobrada em um único título de antologia, 2099: Mundo de amanhã. A história de X-Men 2099 continuou neste volume, embora as coisas tomem um rumo sombrio quando a Falange invade a Terra, matando a maior parte da humanidade e forçando os sobreviventes à Terra Selvagem.
A série termina com Doctor Doom sacrificando sua vida para derrotar o Phalanx e deixando Latveria para o X-Man Nostromo, cujos poderes incluem interface tecnológica.
Um novo mutante aparece em Mutante 2099parte de Cavaleiros Marvel 2099 revival em 2004 pelo escritor Robert Kirkman. Chad Channing trabalha no Edifício Baxter e toma pílulas para suprimir seus genes mutantes. Ele finalmente se torna um herói, juntando-se a uma versão robótica do Coisa projetada por um Reed Richards desencarnado nesta versão alternativa do universo de 2099.
O traje do Mutante 2099 compartilha muitas qualidades estilísticas com o Homem-Aranha original, embora os dois personagens não compartilhem nenhuma conexão narrativa nos quadrinhos.
A formação original dos X-Men 2099 da década de 1990 permaneceu à margem por anos, até o painel final de 2016 Homem-Aranha 2099 #15. O esquadrão original, incluindo Skullfire, Bloodhawk e Luna, faz uma aparição como parte da conexão do título com o maior Segunda Guerra Civil evento de crossover, que se derrama no futuro.
Os fãs de quadrinhos sabem que o Homem-Aranha 2099 se une aos X-Men e outros heróis de 2099, como o Justiceiro e o Motoqueiro Fantasma, para enfrentar os impostores Skrull que se infiltraram na Alchemax Corporation e substituíram membros-chave.
Uma nova lista de X-Men 2099 fez sua primeira aparição em 2009 Tempestade enredo. Esta série restabeleceu o conceito de 2099, mas em outra linha do tempo alternativa, introduzindo uma nova equipe mutante no futuro. Wolverine viaja para essa realidade distópica, entre as linhas do tempo mais sombrias da Marvel Comics, onde encontra uma versão mais velha de si mesmo liderando a equipe.
O futuro Wolverine lidera uma equipe que inclui novos personagens como Meanstreak, Krystalin, Junkpile e Bloodhawk. Eles lutam contra Hulks mutantes que devastaram a América do Norte.
Os fãs de quadrinhos sabem que Magik está entre os usuários de magia mais poderosos do Universo Marvel e na linha do tempo de 2099, ela eventualmente se torna a Feiticeira Suprema. Dentro X-Men estranhos Anual #1 a partir de 2014, a mutante Tempus viaja para o futuro, onde descobre que Illyana Rasputin desempenha o papel que o Doutor Estranho desempenha nos dias atuais.
Ela treina Tempus em Magia por vários anos, tentando ajudá-la a voltar ao passado. Magik também se tornou o Feiticeiro Supremo em outras realidades alternativas, particularmente em uma edição de 2018 da E se..? histórias em quadrinhos.
X-Men 2099 fez apenas aparições esporádicas na Marvel Comics no século 21, mas eles estão retornando no próximo Homem-Aranha 2099: Êxodo #5. Esta série apresenta vários novos membros dos X-Men à lista do futuro distante, incluindo Cyclops, Northstar e Kid Cable. Eles aparecem ao lado de personagens legados como Krystalin e Cerebra.
Com o Homem-Aranha 2099 ganhando mais atenção graças à sua próxima aparição em Homem-Aranha: Através do Aranhaversoos X-Men podem se ramificar dos quadrinhos para outros meios também.